Affiancano l’abside le cappelle del SS.mo Sacramento e della Madonna del Popolo, allestite fra il XVI e il XVII secolo dalle omonime Compagnie.
Il Visitatore Apostolico Pietro Camaiani nell’inverno 1573/1574 ne documenta l’assetto al tempo della riforma ispirata ai decreti conciliari tridentini: «… accessit post vesperas ad tandem cathedralem in eaque facta reverenter consueta oratione, una cum vicario generali pluribusque canonicis aliisque de clero diligentissime perlustravit omnia et singula tam in templo eiusque antiqua veneranda cripta, quam in episcopali palatio, cattedrali inseparabiliter aderenti. Et quoad fabricam, valde honorificam ac decoram tam in amplitudine quam in ornamentis, parum aut nihil habuit quod preciperet, mandandum tantum quod in pavimento pluribus in partibus eiusdem cathedralis diverse tumbe suis lapideis coperculis condecentius sternantur, innoventur ac ad equalitatem reliqui pavimenti componantur».
Ancora nel 1735, quando fu intrapreso il primo riassetto della pavimentazione, si contavano sul piancito 136 lapidi funerarie, alcune delle quali furono smontate e ricomposte presso il battistero.